醫院污水處理流程選擇是醫院污水處理設計的關鍵，流程是否合理將直接影響處理效果、工程投資、運行費用以及管理安全等問題。確定工藝流程要依據醫院的性質、處理要求、排污去向以及技術條件等因素。

　　醫院污水處理流程的選擇需要根據醫院的規模、性質來選定。根據醫院分類，分為傳染病醫院和綜合醫院。醫院污水處理后排放去向分為排入自然水體和通過市政下水道排入城市污水處理廠兩類。醫院污水處理所用工藝必須確保處理出水達標，主要采用的三種工藝有：加強處理效果的一級處理、二級處理和簡易生化處理。

　　醫院廢水處理流程工藝選擇原則：

　　1、傳染病醫院必須采用二級處理，并需進行預消毒處理。

　　2、處理出水排入自然水體的縣及縣以上醫院必須采用二級處理。

　　3、處理出水排入城市下水道(下游設有二級污水處理廠)的綜合醫院推薦采用二級處理，對采用一級處理工藝的必須加強處理效果。

　　4、對于經濟不發達地區的小型綜合醫院，條件不具備時可采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。